游戏承接《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》的剧情,设定了由初代火影千手柱间和宇智波斑的决斗开始,接着横跨到第四次忍界大战。
讲述四位火影奔赴战场,宇智波佐助归来,宇智波带土成为十尾人柱力等一直到第四次忍界大战结束,鸣人当上第七代火影而终结的故事。